1903年（光绪二十九年），赣南巡道刘心源和地方士绅刘景熙等人将濂溪书院改办“虔南师范学堂”，后易名“吉南赣宁师范学堂”。
1907年，巡道俞明震革新之，改办初级师范简易科，学制两年，后又改称“南宁师范”。
1914年，南宁师范学校由省教育厅接管，并入新创办“江西省立第二师范学校”。
1922年，创办县立女子师范班。
1924年秋，创办“江西省立第二女子师范学校”，县立女子师范班并入其中。
1927年春，省立第二师范学校、县立女子师范班与省立第四中学三所学校合并，改称“江西省立赣县中学”，内设男生部、女生部，赣县中学改校长制为委员制。
1927年11月，赣县中学女生部独立改为省立第二女子中学，分设高中师范科；赣县中学男生部改为省立第三中学，并取消委员制，分设师范科。
1933年秋，省教育厅利用停办的江西省立第一农业学校校舍和设备创办“江西省立赣县乡村师范学校”。
1933年，省立第二女子中学改名为“江西省立赣县女子师范学校”。
1943年，赣县县立中学分设简师科。
1946年，该校简师科，改办“赣县县立简易师范学校”。
1949年8月，赣州解放后，省教育厅决定将原省立赣县乡村师范、省立赣县女子师范和赣县县立简易师范三所学校合并，成立“江西省赣州师范学校”（简称赣州师范），实行校务委员制。
1958年，在赣州师范的基础上，创办赣南师专，赣州师范成为赣南师专的中师部。
1959年冬，赣州师范（赣南师专中师部）迁至赣州市郊虎岗独立办学。
1969年3月，受命停办。
1973年3月，赣州地委、行署决定恢复赣州师范学校，学校择址在沙石镇楼梯岭建校。
1980年，学校被列为江西省第一批办好的重点师范。
1983年，赣州地区教师进修学院创建。
1985年，赣南教育学院更名赣南教育学院。
1997年5月，学校顺利通过国家教委检查组验收。
1997年6月，升格为正县级事业单位。
2000年4月，经江西省人民政府批准，在赣州师范学校的基础上设立赣南师范学院师范专科部。
2001年7月，赣南教育学院从兴国迁入，与赣南师院师范专科部合署办公，实行“两块牌子，一套人马”的管理体制。
2008年11月，赣南文艺学校成建制并入。
2011年8月，宁都师范学校并入，学校从沙石镇楼梯岭搬迁到赣州开发区高校园区新校区办学。
2013年，经江西省人民政府批准、教育部备案同意，在原赣南教育学院的基础上改制为全日制普通高等学校赣州师范高等专科学校。
2022年12月8日，赣州师范高等专科学校共同组建的赣州市职业教育联盟成立。
2023年，学校被确立为省职业院校课程思政教学研究示范中心培育单位。
